>> 美神が中世ヨーロッパにタイムポーテーションした時、座標が具体的に
>> イメージできていないために、現代の日本に戻ることができませんでし
>> た。その為、マリアを奪い返すことがどうしても必要だったのです。
>> ところが、平安京に飛んだ時には、道真の雷を受けた美神は現代の美神の
>> 事務所に正確に戻ってきます。また神・道真からもらった（雷）の文殊で
>> 平安京に戻ったときにも、ごくわずかな位置と時間のズレだけですみました。
>> 中世ヨーロッパに飛んだ時には７００年，平安京では１０００年の飛翔で
>> す(そのかわり距離は近くなりましたが)。
美神が具体的にイメージできていなかったのは、『座標』ですよね？ 『座標』というと普通は空間の位置関係を表すものですよね？
美神が「時間」の感覚は掴んでいたとしても、「空間」の感覚を掴んでいなかった、としたらどうでしょうか？
中世ヨーロッパのスイス−イタリア国境付近なんて言われても、日本の東京からどの方向にどれだけ離れているか、美神にはっきり掴むことができなかったのではないでしょうか？ まだ20歳でＧＳの修行が忙しかった美神は、ヨーロッパで仕事したことも旅行したことも、やはりそんなにはないでしょう。（「極楽愚連隊西へ！！」くらいか？）
とすれば、ヨーロッパの地図も持ってきていないでしょうし、美神には「日本の東京に行くには空間的にどう行けばよいか」が掴めていなかったのではないでしょうか。
一方、京都ぐらいは美神も旅行したこともあったでしょうし、日本一のＧＳなんですから、京都で仕事したことも多かったのではないでしょうか。なんといっても、ＧＳである以上は宗教上の知識(特に日本国内の)には詳しくなければならないでしょうから、京都の寺や神社、歴史に関することは勉強しているはずです。
だとすれば、美神にとって「東京の自分の事務所とは位置的にどう離れているか、どう行けばよいか」を空間的にイメージするのは容易でしょう。京都には古い寺など、現代と空間的に同じ位置にある「目印」がたくさんありますしね。
また、日本地図，現代の京都の地図，くらいならヒャクメの神界パソコンの中にデータとして記録されていても不思議ではありません。平安京の古地図もあったりして。
さらに言うと、「ある日どこかで」ではストーリーがポンポン進んでいく為、美神たちは地理的なことを調査する時間がありませんでした。
「デッドゾーン」では、美神はしばらくは民間呪術者として仕事をしていましたから、周辺の地理的調査をする時間がありました。