こんな仮説はどうでしょう。。
メフィストは魔物なので、体の大きさは自由に変えられる(虫になっていたことがあるので、少なくとも小さくはなれる)。実は、普段は人間に合わせて同じ大きさになっているが、本当のメフィストは身長２メートル半くらいある巨人である。異界空間のアジトに戻ったとき、メフィストは元の大きさに戻っていた為、エネルギー結晶が掌に比べて相対的に小さく見えた。
→ この仮説の疑問点は、「それじゃ土偶羅も本当は大きいのか？」ということですが、その答えは「平安京では大きかったが、一度アシュタロスに破壊され、その後小さく造り変えられた」ということになります。土偶羅は「★ＳＡＰＰＡＲＩ」と書かれたケースに魂を入れたカプセルを詰めて運んできます。これがサッポロビールのパロディであることはもちろんですが、もしこのケースが本当にビールケースと同じくらいのサイズであれば、土偶羅も身長８０センチくらいはあることになります。「ジャッジメントデイ」の土偶羅はもっと小さいですよね。鞄に入るんですから５０センチくらいでしょうか。
メフィストと土偶羅の身長差は、ならんだシーンがないのでよくわかりません。しかし膝上くらいだと考えれば、メフィストの身長が２メートル半くらいでおかしくないことになります。