メドーサは何らかの理由で大気圏突入に耐え切れずに死んだ、と考えるのが原作的には公式になるんでしょうね。
横島は竜神の装具をつけていましたが、メゾピアノさんのご指摘の通り、マリアのサポートが必要）だったようです。また、彼の回復力と耐久力は神・魔族でも驚くくらいの素晴らしさ（笑）です。
と、考えると、そこが横島が大気圏突入に耐えられ、メドーサが耐えられなかった差と考えてもよさそうです。
飛行能力についても、メドーサは月面で死んだと思われているほどのダメージをうけていること、そこにさらに物理的なダメージを負ったということで、既にコントロールできなかったと考えることができます。
また、理屈をつけるなら、宇宙空間に近い（地表から遠く離れている）ようなところでは、飛行能力をコントロールできないとすることもできます（飛行能力の理屈が不明なので、完全な想像になりますが）。飛行高度に上限があるってところで。
あえて、ここで死ななかったとして、「蘇った」とされているメドーサは、実は生きて潜伏していたメドーサで、横島に復讐するチャンスをずっとうかがっていて、蘇ったフリをして出てきた、としてみるのも一興かも。