> 2つに分けられないものを無理に分離したのですから、美神の魂は大変なダメージを受けたはずです。
・「幽体がバラバラになりながら、それだけ毒づけるってのはすごいな。」（『ジャッジメント・デイ！！（その１）』）
・「！！ や、やばいもう魂が分解寸前だ…！！」
「ここまで壊れた魂を戻す力はないのよ。やっぱりアシュ様の装置を使わないと。」（『同（その１０）』）
念の為に補足しますと、実際には「はず」どころか、『復／活』の文珠でも再生不可能な程の深刻なダメージを美神が受けていた事が、これらの台詞から分かります。その後の「シリコン胸ー！！」「悪質なデマを流すんじゃないッ！！」の遣り取りの所為で霞んじゃってますけど（笑）。
> それなのに、コスモプロセッサを利用して美神が復活した後、美神は別に人格的にも霊能力的にも何も変っていないようです。しばらくは病院で静養が必要になるとか、人格が変るとか、記憶の欠落があるとか、霊能力が部分的になくなってしまうとか、何かちょっとはあってもいいように思うのですが…。
・究極の魔体の大砲の一撃は、出力不足でなければ、神魔の最高指導者二人が力を合わせても防ぎ切れない程の火力を有していたと予測される。（『ジャッジメント・デイ！！（その２０）』）
・究極の魔体のほぼ全面を覆っていたバリアは、一方通行に空間を歪めて攻撃を別の宇宙に逃がす事で、無限大に攻撃を無力化していたと推測される。（『同（その１８）』）
アシュタロスは、これら圧倒的な攻撃力と防御力よりも、コスモプロセッサの方が彼の目的を達成するには有効である、と判断しました。その機能は次の台詞が最も端的に表しているでしょう。
・「このアイディアを実現した今、私に不可能はなくなった！！ 死者をよみがえらせることも！！ 神を滅ぼすことも！！」（『同（その４）』）
これは誇張ではなく本当にそれだけの機能を持っていた、と考えてみてはどうでしょうか？ 「宇宙の構成を部分的にせよ完全に組み換える」（『同（その４）』）その原理の詳細は不明ですが、ある事象に対し因果関係や物理法則による制約といった諸条件を完全に無視し、望む結果のみを現出させるという正に反則的な霊的装置であり、その威力の前では、究極の魔体を運用しての「力による制圧」すら見劣りしてしまいます。そして、主神クラスの霊的存在をも抹殺できるからこそ、崩壊寸前の人間の魂（美神）を後遺症が全く無く、万全な状態で復活させる事も問題無く実現できた、と考えられます。これまた宇宙意志の反作用の所為で、コスモプロセッサの威力が霞んじゃってますけど（＾＾；
コスモプロセッサに関するより詳しい考察は、過去ログの「[550] 感謝です！ところで・・・」「[495] 宇宙の卵」を参照。
> 逆に言うと、エネルギー結晶を分離してもダメージを受けないのならば、神族が心霊外科的な方法で、美神の魂からエネルギー結晶を切除するということも可能だったのではないでしょうか。そうすれば、美神を殺すの殺さないのでモメることも無かったはずです。少なくとも、殺す前に一度は試してみるべきことだったのではないでしょうか。
・ばく大なエネルギーを結晶としてかかえこんでいるおまえの魂は火薬庫のようなものだ。強引に奪いとろうとすれば結晶が崩壊する危険があった。（『ジャッジメント・デイ！！（その１）』）
・「魔物ならともかく、おまえは人間だからな――――――そう何度も粘土みたいにちぎったりくっつけたりでは魂の原形を維持できんのだ。」（『エピローグ：長いお別れ』）
上記の台詞の引用（と前段までの私の主張）より、これについては前提となる仮定「エネルギー結晶を分離してもダメージを受けない」が否定されます。恐らく、ヒャクメが美神令子を調査する中で、「美神令子の魂から後遺症無しにエネルギー結晶を切除する事は不可能である」と判断（または判明）し、神界の上層部に報告していたのではないでしょうか？ 現に、神族はその後も美神の魂からエネルギー結晶を分離する様な働き掛けは一切していません。また、仮に「美神令子に後遺症が出る等の不都合があるとしても、最終的にエネルギー結晶を分離、若しくは破壊できればよい」との判断をGS本部が下したとしても、やはり美智恵はそれに対し最大限の譲歩を求めたでしょうから、物語の大筋には大きな影響は無いものと思われます。
そもそも、この時に活動可能だった神族はヒャクメのみであり、
>魂を材料としている為に長い間にはメフィストの魂と分離できないほど癒着したんですよね。
とメゾピアノさんが引用している様に、彼女自身は既に匙を投げています（＾＾； （引用元は『デッド・ゾーン！！（その９）』のヒャクメの台詞）
以上より、結論は「分離するだけなら可否は『可』。但し、後遺症の有無は『有』」となるでしょうか。