メフィストがエネルギー結晶を奪って飲み込み、魂を材料としている為に長い間にはメフィストの魂と分離できないほど癒着したんですよね。だから転生の時にエネルギー結晶を魂にくっつけたまま美神令子に転生したわけです。
アシュタロスがエネルギー結晶を手に入れたとき、アシュタロスは別に美神を生かしておくつもりはありませんから、それこそエネルギー結晶を無理矢理爪で引きちぎったはずです。
2つに分けられないものを無理に分離したのですから、美神の魂は大変なダメージを受けたはずです。
それなのに、コスモプロセッサを利用して美神が復活した後、美神は別に人格的にも霊能力的にも何も変っていないようです。しばらくは病院で静養が必要になるとか、人格が変るとか、記憶の欠落があるとか、霊能力が部分的になくなってしまうとか、何かちょっとはあってもいいように思うのですが…。
逆に言うと、エネルギー結晶を分離してもダメージを受けないのならば、神族が心霊外科的な方法で、美神の魂からエネルギー結晶を切除するということも可能だったのではないでしょうか。そうすれば、美神を殺すの殺さないのでモメることも無かったはずです。少なくとも、殺す前に一度は試してみるべきことだったのではないでしょうか。