> しかし、結論からいえば「著作権保有者（企業）が請求しなければ問題無い」といった事が通例というか暗黙の了解になっていると思います。
そのとおりですね。
ただ、著作権がないというわけではありません。
まあ、黙認というのが一番近いでしょう。
> > それと、各キャラクターを登録している訳でもないと思います。（創作の時点で著作権が発生しますが・・・。）基本的に登録商標していなければ法的に請求できない筈です。
漫画、小説などの「作品」は、そのキャラクターなども含めて著作権が発生するのが判例となっています。
たとえば、ディズニーや姉妹社（故長谷川町子の著作権を管理）などは厳しいことで有名。ディズニーは小学生が卒業制作でプールにかいたミッ●ーマウスの絵を潰させたりしています。
また、キャンディ・キャンディ事件（作画者が原作者に無断でキャラクターグッズを作成した）の裁判でも「キャラクターは作品に属する著作物であり、その作品の著作権者の許可なくキャラクターを使用することはできない」という意味の判例がでています。
> 「黙認」「公認」についても、コミケなどで大量に版権キャラが使われてますと、企業や著作者も余りにアレな作品が大々的に出回っているワケではなかったら取り締まるのも大変なのでしょう（笑）。
すべて黙認です。
パロディの判例（マッド・アマノ事件が有名）によると、元の作品からの改変として認められるものは、ＯＵＴですから。
もっとも、この判例によると、パロディという表現方法自体が禁止されていることになってしまうのですが……
Ｗｅｂでも、数社が取り締まりに乗り出したりしています。
ドラ●もんサイトなどで自作でもイラストがないのはこのためです。
日本では、比較的著作権保有者が“ゆるい”のでパロディ（二次創作）が隆盛をきわめてるという事実はありますね。
企業側も「ファン活動」の一環として、作品の盛り上げのために黙認している部分もあります。また、多くのプロ漫画家がそうした同人活動の中から発掘・出現してきているという面もあるでしょう。
一応、同人誌は「販売目的」ではなく「仲間内の配布」という体裁をとっており（だから「同人」誌なわけですが）、価格も「定価」ではなく「領価（領布価格」という名目で、黙認のための態勢をとっているわけです。
ただ、近年の書店流通しているパロディ商業誌（しかも１８禁）については、“調子にのりすぎ”でしょう。
サクラ大戦のものなどは、抗議をうけて回収、名前を一部差し替えて再出版などしていますが……
こうしたことが続くと、商業・非商業を問わずパロディ（二次創作）全体への著作権者（企業）への規制が強化されることになるのではないかと危惧しております。